Sau 3 năm kể từ những cuộc phiêu lưu thần kỳ của nhóm bạn tám Digidestined đầu tiên, Thế Giới Số lại một lần nữa đối mặt với nguy hiểm. Một kẻ hống hách tự xưng là Digimon Kaiser xuất hiện với âm mưu thống trị toàn bộ Thế Giới Số. Anh ta nắm quyền kiểm soát hàng vạn Digimon, hăm dọa sẽ biến tấu chúng thành những vũ khí vô cùng nguy hiểm. Trước cuộc khủng hoảng này, nhà nghiên cứu Digimon Uehara, người đã từng chia sẻ rất nhiều sự thật về thế giới của Digimon với các Digidestined cũ. bắt đầu tuyển chọn 3 đứa trẻ mới – Iori, Daisuke và Miyako – được chọn lựa sau khi vượt qua thử thách vô cùng khắt khe. Với tấm lòng kiên cường, tinh thần bất khuất và mối liên kết đặc biệt với Digimon của riêng mình. Ba đứa trẻ này cùng hợp sức với 8 Digidestined cũ để đối đầu với thế lực đen tối của Digimon Kaiser.
Mọi thứ tưởng chừng khó khăn song nhóm Digidestined mới này mang đến một làn gió mới và sức mạnh tiềm ẩn để chiến đấu. Ngoài khả năng chiến đấu xuất sắc. khả năng sử dụng kỹ năng và chiến thuật độc đáo. những đứa trẻ đã được huấn luyện trong chuyên trường Digimon cũng mang đến sự hợp tác và phát triển vượt bậc. Cuộc chiến chống lại Digimon Kaiser không chỉ là trận chiến để bảo vệ Thế Giới Số, mà còn là cuộc phiêu lưu đầy thử thách, thúc đẩy khả năng của những đứa trẻ, nâng cao tình bạn và lòng dũng cảm của họ.
